El viaje de Yaiba para convertirse en un verdadero samurái lo lleva desde su hogar en el bosque hasta una ajetreada ciudad llena de rivales, amistades y poderes ancestrales.

Sigue las aventuras de un chamán de 13 años y su compañero, un espíritu guerrero samurái, que recorren el mundo luchando contra espíritus malignos y chamanes descarriados.

It is a cross over between the series Lupin III and Case Closed and takes place after the television special Lupin the 3rd vs Detective Conan, additionally incorporating various elements from its predecessor in its plot. The plot follows Conan Edogawa who sets out to apprehend Arsene Lupin III, the suspect of stealing a jewel called Cherry Sapphire.