Los primeros años de los héroes de Madagascar Alex el León, Marty la Cebra, Melman la Jirafa y Gloria la Hipopótamo, mientras crecen en un hábitat de rescate en el zoo de Central Park.

Dos adolescentes típicos parten en una misión mágica para salvarles la vida a su amiga y a su identidad paralela de otro mundo. Pero el amor complica la expedición.